Bræðurnir Flosi og Finnbogi Jakobssynir komu fyrirtækinu á laggirnar. Þeir höfðu áður stundað sjómennsku fyrir vestan en undir niðri blundaði löngun til að geta orðið sjálf-stæður og sjálfum sér nægur.
Ekki var það hugmyndin í upphafi að koma upp stórfyrirtæki heldur einungis að hafa í sig og á án þess að vera öðrum háður. Flosi var stýrimaður til margra ára á togara en vildi hefja útgerð á eigin spýtur og fór að leita sér að trillu.
Í apríl 1985 var svo fyrirtækið formlega stofnsett og snerist starfsemin í kringum að reka einn Bátalónsbát, Jakob Valgeir ÍS-84.
Ekki leið þó á löngu þar til þeir hófu að reka litla fiskvinnslu í leiguhúsnæði til að vinna þann afla sem kom að landi en tveimur árum síðar var búið að koma henni fyrir í eigin húsnæði að Grundarstíg 5. Þar er fyrirtækið enn til húsa og er starfrækt þar að mestu.
Fyrstu árin störfuðu 6 manns hjá Jakobi Valgeiri ehf. Þegar fyrirtækið var farið að vaxa var orðið brýnt að finna einhvern traustan meðeiganda inn í félagið þar sem umsýsla og utanumhald fór að verða talsvert flóknara og verið að færa út kvíarnar.
Finnbogi fékk þá Jakob Valgeir Flosasen til liðs við fyrirtækið til að sjá um reksturinn.
Hann hafði verið meðeigandi frá árinu 1997 en árið 2004 keyptu þeir feðgar hlut Finnboga í félaginu.
Fjölskylda Flosa á nú 100% í félaginu.
Framkvæmdastjóri er Jakob Valgeir Flosason
en bróðir hans, Guðbjartur Flosason, er framleiðslustjóri.
Jakob Valgeir ehf, á og gerir út þrjú skip. Línubátana, Jónínu Brynju ÍS-55 og Fríðu Dagmar ÍS 103, og togarann Sirrý ÍS 36.
Einnig á félagið Þorláks ÍS-15 sem Snurvoð gerir út.
Í dag starfa um 100 manns hjá fyrirtækinu. Fyrirtækið hefur sérhæft sig í vinnslu léttsaltaðra þorskafurða sem fluttar eru nær eingöngu út til Suður-Evrópu. Einnig er þar unnin ýsa og steinbítur sem fer að mestu til Bretlands og Frakklands.
Langflestir starfsmenn fiskvinnslunnar hafa sótt sérhæft fiskvinnslunámskeið og hefur
það stórbætt bæði vinnslu, vinnuaðferðir og afkastagetu.
Starfsmannafélag Jakobs Valgeir ehf. var stofnað árið 2006. Virkni starfsmannafélagsins er til þess fallin að auka á starfsánægju þeirra sem vinna hjá fyrirtækinu. Jakob Valgeir ehf. styður dyggilega við bakið á félaginu.
Mynd frá 2017 þegar starfsmannafélagið fór til Munchen á októberfest.